La chondroïtine est un constituant essentiel du cartilage et elle est naturellement produite par l'organisme. Elle est aussi présente dans les os, la peau, la cornée et la membrane des artères. Elle contribue à la formation et à l'entretien du tissu cartilagineux. Le rôle de ce tissu est d'assurer la rétention de l’eau dans le cartilage et son élasticité, ainsi que la solidité et la souplesse des articulations.

Comme c'est le cas pour la glucosamine, la chondroïtine peut soulager les douleurs de l'arthrose. De plus, elle pourrait contribuer à arrêter ou ralentir la dégénérescence des tissus articulaires.

Le mode d'action de la chondroïtine commence à être mieux connu. On pense que, d’une part, elle favorise la reconstruction du cartilage et inhibe partiellement l’enzyme qui le détruit (l’hyaluronidase). D’autre part, elle agirait de façon similaire à la glucosamine au chapitre de la formation du cartilage et du liquide synovial. De nouvelles données montrent que la chondroïtine pourrait inhiber les ostéoclastes, qui sont des cellules jouant un rôle important dans la perte de substance osseuse. Elle serait aussi active dans le processus inflammatoire.